Kota Yogyakarta didirikan oleh Pangeran Mangkubumi (kemudian bergelar Sultan Hamengkubuwono I) pada tahun 1756 sebagai pecahan akibat sengketa pergantian kekuasaan Jawa (Mataram) di Surakarta. Sang Pangeran, sebagai perancang kota pertama Kota Yogyakarta sendiri  mendirikan Kota Yogyakarta pada awalnya dengan menarik garik lurus dari Gunung Merapi hingga Laut Selatan serta berada di antara Sungai Code dan Sungai Winongo. Kraton, sebagai pusat kekuasaan kemudian menjadi semacam magnet pusat peradaban Kota Yogyakarta. Dari sinilah ide keistimewaan DIY muncul.

Pusat-pusat aktivitas mulai tumbuh ke berbagai penjuru. Permukiman mulai muncul di sekitar kraton untuk mengakomodasi hunian pangeran (dalem). Perdagangan dan jasa mulai dibangun oleh pedagang Tionghoa di sepanjang jalan menuju alun-alun (Malioboro dan Gondomanan). Meningkatnya populasi dari tahun ke tahun, meningkat pula aktivitas masyarakat. Hal ini memicu bertumbuhnya pusat-pusat pelayanan baru di segala arah. Pertokoan di sepanjang jalan Malioboro berkembang menjadi pusat perdagangan yang sangat ramai di Kota Yogyakarta.

Menciptakan tata ruang keistimewaan DIY  berarti mewujudkan ruang yang memiliki nuansa budaya di DIY yang mengacu filosofis catur gatra tunggal dengan keberadaan 4 pilar: kraton, masjid, alun-alun dan pasar sepanjang sumbu imajiner. Malioboro sebagai salah satu pusat perdagangan di DIY yang ramai mulai dilakukan penataan agar lebih ramah terhadap pejalan kaki. Penataan dimulai dengan mensterilkan jalur pedestrian dari parkir kendaraan bermotor.  Pengambilan langkah ini selain dapat mewujudkan kawasan malioboro yang lebih humanis, ruang berekspresi serta secara fisik dapat menambah nuansa budaya di dalam kota untuk melawan degradasi budaya yang terjadi.

Perwujudan tata ruang keistimewaan DIY memang membutuhkan proses dan waktu.  Penataan ruang memperhatikan UU No 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY dan tidak melupakan UU No 26 Tahun 2007 tentang Penataan Ruang. Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki tujuan terwujudnya pemerintahan yang demokratis;  terwujudnya kesejahteraan dan ketenteraman masyarakat;   terwujudnya tata pemerintahan dan tatanan sosial yang menjamin ke-bhinneka-tunggal-ika-an dalam kerangka NKRI;  terciptanya pemerintahan yang baik; dan  terlembaganya peran dan tanggung jawab Kasultanan dan Kadipaten dalam menjaga dan mengembangkan budaya Yogyakarta yang merupakan warisan budaya bangsa; tidak begitu saja tercapai tanpa inisiatif, kerja keras dan kerja kolaboratif antar segenap pemangku kepentingan di DIY.

Untuk terwujudnya keistimewaan DIY , dengan adanya inisiatif penataan untuk kembali mengangkat nilai budaya serta memberikan “ruang” skala manusia seperti yang telah diterapkan di malioboro ini sebaiknya menjadikan pemerintah di DIY –bukan hanya pemerintah Kota Yogyakarta–  menempatkan tata ruang sebagai hal pokok dalam pengambilan kebijakan. Selain itu, bukan hanya masayarakat Kota Yogyakarta, namun masyarakat di DIY juga semakin taat terhadap kebijakan tata ruang di lingkungannya. Seluruh stakeholder atau pemangku kepentingan  lainnya juga berperan dalam membentuk suatu sistem rencana tata ruang istimewa yang terintegrasi, tidak hanya untuk Kota Yogyakarta, namun juga dapat diimplementasikan di kabupaten atau kota di seluruh DIY (Sleman, Bantul, Kulon Progo dan Gunung Kidul)  terutama  dalam kawasan strategis provinsi  lainnya seperti Keraton Yogyakarta, Kotalama Kotagede, Puro Pakualaman serta candi-candi di Kabupaten Sleman dan Bantul.